Badania

Laboratorium Biologii Obliczeniowej

Laboratorium Biologii Obliczeniowej działa w obszarze wsparcia zespołów badawczych w zakresie analiz obliczeniowych oraz przetwarzania i interpretacji danych biologicznych.

Laboratorium Biologii Obliczeniowej

Profil jednostki

Współpraca i usługi

Jak zgłosić dane do analizy?

Na podstawie otrzymanego opisu przygotujemy plan analizy i skontaktujemy się w celu ustalenia szczegółów oraz przekazania zbiorów danych.

Osoby zainteresowane konsultacjami lub współpracą zapraszamy do kontaktu mailowego: compbio@pan.olsztyn.pl

Skład osobowy

Oferowane metody i analizy

  1. Projektowanie i planowanie badań przy użyciu metod mikroskopowych oraz przy użyciu cytometrii przepływowej. Wsparcie w zakresie planowania i przygotowywania konkretnych doświadczeń, opracowywania protokołów, budowania kosztorysów oraz w doborze odczynników.
  2. Przetwarzanie, analiza i wizualizacja danych mikroskopowych oraz cytometrycznych obejmujące min. modelowanie przestrzenne z obrazowaniem trójwymiarowych struktur, analizę ekspresji, lokalizacji i kolokalizacji białek, analizę parametrów przyżyciowych komórek: migracji, interakcji, podziałów, różnicowania się, procesów apoptozy i nekrozy oraz analizę i sortowanie zdefiniowanych cytometrycznie populacji komórkowych.
  3. Utrwalanie i przygotowywanie preparatów parafinowych z tkanek. Przygotowywanie skrawków parafinowych lub mrożeniowych na szkiełkach podstawowych lub specyficznie (ze wskazaniem), przygotowanie preparatów odpowiednio do procedury barwienia.
  4. Wykonanie barwień histochemicznych oraz barwień/znakowań immunohistochemicznych i immunocytochistochemicznych.
  5. Mikroskopowe obrazowanie skrawków tkanek lub komórek, obejmujące ich obserwację przyżyciową.
  6. Wykonywanie mikrodysekcji laserowej preparatów komórkowych i tkankowych.

Wyposażenie laboratorium

Pracownia histologiczna

  • Automat barwiący Multistainer ST5020 (Leica) z automatyczną nakrywką CV5030 (Leica, Niemcy);
  • Półautomatyczny mikrotom rotacyjny HistoCore AVTO-CVT-U 2040 (Leica, Niemcy);
  • Procesor tkankowy otwarty, typu EM 240 (Leica, Niemcy);
  • Zautomatyzowany procesor tkankowy próżniowy zamknięty, Histocore PEARL (Leica, Niemcy);
  • Kriostat typu Hyrax C50 (Carl-Zeiss, Niemcy);
  • Ultra mikrotom Ultra Cut (Reichert-Jung, Niemcy);
  • Zestaw do zatapiania tkanek HistoCore Arcadia C (Leica, Niemcy);

Pracownia obrazowanie i analiz komórek i tkanek

  • Odwrócony mikroskop fluorescencyjny wyposażony w moduł do inkubacji komórek (Axio Observer Z1, Carl-Zeiss, Germany). Zawierający komponenty niezbędne do: obrazowania żywych komórek, obrazowania przestrzennego (3D), długotrwałego obrazowania w czasie rzeczywistym oraz jednoczesnej akwizycji obrazów z wykorzystaniem wielu fluorochromów w połączeniu ze światłem przechodzącym;
  • Odwrócony, skanujący, laserowy mikroskop konfokalny wyposażony w moduł do inkubacji komórek oraz aparaturę Airyscan przeznaczoną do skanowania w wysokiej rozdzielczości (LSM800, Carl-Zeiss, Germany). Zawierający komponenty umożliwiające: obrazowanie konfokalne, obrazowanie przestrzenne (3D), obrazowanie żywych komórek, akwizycję spektralną, oraz długotrwałe obrazowanie w czasie rzeczywistym oraz jednoczesnej akwizycji różnych fluorochromów;
  • Komputerowy zestaw do analizy obrazu i danych mikroskopowych (element systemu mikroskopowego LSM 800);